تفاوت دوگروه فیلوژنتیکی A و B2 سویه‌های اشریشیا کلی یوروپاتوژنیک از نظر توزیع ژن‌های حدت

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

دانشجوی دکتری ژنتیک مولکولی، گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه سیستان و بلوچستان

چکیده

اشریشیا کلی به عنوان فراوان‌ترین باکتری ایجاد کننده عفونت ادراری معرفی شده است. سویه‌های اشریشیا کلی ایجاد کننده عفونت ادراری که به عنوان "یوروپاتوژنتیک" شناخته می‌شوند، حاوی فاکتورهای حدت متنوع می‌باشند. بر اساس مطالعات قبلی سویه‌های متعلق به گروه فیلوژنتیکی B2 به عنوان مهم‌ترین سویه، درحالی که سویه‌های گروه  A به عنوان کم‌اثرترین سویه در ایجاد عفونت ادراری مطرح هستند. در این مطالعه تعداد 100 نمونه اشریشیا کلی جدا شده از بیماران مبتلا به عفونت ادراری با روش‌های استاندارد بیوشیمیایی تأیید شد. پس از استخراج DNA ژنومی با روش Triplex-PCR تعداد 72 سویه ( 55 سویه متعلق به گروه فیلوژنتیکی B2 و 17 نمونه متعلق به گروه A) برای تعیین میزان توزیع ژن‌های حدت انتخاب شدند. فراوانی ژن‌های cnf1،irp2 ، iha وompT به ترتیب به میزان 39، 29، 92 و 78 درصد مشاهده شد. میزان فراوانی این ژن‌ها در گروه فیلوژنتیکی B2 به مراتب از گروه A بیشتر بود. تفاوت معنی‌داری در میزان توزیع ژن‌های cnf1 و irp2 در دو گروه فیلوژنتیکی B2 و A مشاهده شد ( 05/0 ≤P  ). از نظر الگوی توزیع ژنی 10 الگوی منحصر به فرد (Ec1-Ec10 ) برای این دو گروه مشاهده شد. نتایج این مطالعه نشان داد که سویه‌های B2 حاوی ژن‌های حدت بیشتری نسبت به سویه‌های A هستند و احتمالاً نقش مهم‌تری در ایجاد عفونت ادراری دارند. 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

The difference between two phylogenetic groups A and B2 of Uropathogenic E. coli strains in terms of distribution of virulence genes

نویسندگان [English]

  • Hosein Ali Abdi
  • Navid Tahanzadeh
چکیده [English]

Escherichia coli is the most abundant bacterium that causes urinary tract infections. The E. coli strains that cause urinary tract infections, known as "Uropathogenic E.coli (UPEC)", contain various virulence factors. According to previous studies, the strains belonging to the phylogenetic group B2 are the most important strains, whereas strains of group A are the least effective strains for causing urinary tract infections. In this study, 100 samples of E. coli isolated from patients with urinary tract infection were confirmed by standard biochemical methods. After extraction of genomic DNA, 72 strains (55 strains belonging to phylogenetic group B2 and 17 samples belonging to group A) were selected by Triplex-PCR method to determine the distribution of virulence genes. The frequency of virulence genes cnf1, irp2, iha and ompT were observed to be 38.88%, 29.16%, 91.66% and 77.77%, respectively. The frequency of these genes in phylogenetic group B2 was significantly higher than group A. Significant difference was observed in the distribution of cnf1 and irp2 genes in both phylogenetic groups B2 and A (P≤0.05). In terms of gene distribution pattern, 10 unique patterns (Ec1-Ec10) were observed for these two groups. The results of this study showed that strains B2 contain more virulent genes than strains A and may have an important role in the development of urinary tract infections.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Uropathogenic Escherichia coli
  • Phylogenetic groups
  • Virulence genes